起义农民并未因此停止斗争，起义的主要领导者陈五显机智地躲过了清军的搜捕，隐藏到大山深处。
后来，范时崇采用剿抚并用策略，派人带领牌照，到深山进行招抚，答应免除死罪，陈五显等二十一人才于本年十月归降清政府。
张玉书居官五十年间，曾奉命视察河工，澄清了靳辅治河十余年的功过；审理浙江巡抚金鋐捏造虚款及藩司李之粹迎合附会案，使贪官污吏受到查处；
跟随康熙帝南巡，对治理黄河多次提出有价值的建议；跟随康熙帝从征噶尔丹，预参帷幄之议，对最终打败噶尔丹做出了贡献。
正因为如此，在张玉书随从康熙帝往热河、并在热河病故以后，康熙帝即命大学士温达会同翰林部院官员，以及内务府总管前往吊唁，赐帑金一千两，料理丧事。
还派遣内务府监制棺椁幔帐，沿途拨夫役护送回京。康熙帝亲书挽章，加赠太子太保，谥文贞。
张玉书故去的次日，康熙帝又亲作挽诗一首，并对大学士等说：朕自幼读书，立志待大臣如手足。
五十年来，许多大学士都以年老告辞林下怡养，朕常使人存问。凡在朝诸臣，朕待之甚厚，他们也矢忠尽力，历数十年之久，与朕同白了须发。
康熙四十一年，《南山集偶钞》辑成时，方苞、朱书作序，龙云锷以及戴名世的学生龙玉王捐资刊行。
康熙五址年十月十二日，左都御史赵申乔疏参戴名世妄窃文名，恃才放荡，私刻文集，肆口游谈，倒置是非，语多狂悖，今身膺恩遇，叨列巍科，犹不追悔前非，焚削书板，似此狂诞之徒，岂容滥厕清华。
康熙帝命有司严察审明。康熙五十一年正月二十二日，刑部审察戴名世《南山集》案，认为戴名世书内，将本朝年号削除，号入永历大逆等语。
据此，戴名世立即凌迟，方孝标所著《滇黔纪闻》内也有大逆等语，应剉其尸骸，二人之祖父子孙兄弟及伯叔父兄之子年十六以上者俱拟立斩，
十五以下者及母女妻妾姊妹、子之妻妾给功臣家为奴。方氏族人拟发往乌喇、宁古塔。汪灏、方苞为戴名世书作序，俱应立斩。
康熙帝命九卿议奏。四月初十日，刑部等衙门再议此案。康熙帝谕大学士等：汪灏在内廷纂修多年，已经革职，免死入旗。方氏族人不应留于本处，命将刑部奏本暂贮内阁。
康熙五十二年二月，清政府就《南山集》案作最后处理：戴名世立斩，其家人从宽免治罪。方孝标之子方登峰等免死，并其妻子充分黑龙江。受牵连的汪灏、方苞等免予治罪，入旗。龙云锷、方正玉免死，徙其家。
康熙五十年，清政府处理陈四流民案，许多官员因此被降级。先是，山东百姓班汉杰叩阍控告山西陈四等聚众抢劫。
陈四等供称因康熙四十四、四十五两年本省欠收，故于四十六年自山西带领妇人、子女、亲戚一百三十余口逃荒于陕西庆阳府居住两年半，康熙四十八年至河南，又由河南流移至湖广、贵州。